Eerst zet je de pomp uit, zodat het moeras afgezonderd wordt van de vijver. In direct verbonden moerassen laat je het waterpeil zakken (typisch +-25cm) tot de scheidingsdam droog komt te liggen en de beide vijvers niet meer in verbinding staan met mekaar. Vervolgens graaf je de planten uit en bewaar je deze tijdelijk in bijvoorbeeld enkele grote metselspeciekuipen. Vervolgens wordt het substraat in een geperforeerde plastic bak geschept (bijvoorbeeld de typische aardappelbak) en spoel je het (cfr. goudzoeker) in het nog aanwezige water. nadien wordt het substraat met kruiwagen afgevoerd naar bijvoorbeeld een groot dekzeil elders in de tuin. Naarmate het substraatniveau zakt, pomp je het vuile water gradueel weg met een dompelpomp. Wanneer alles is verwijderd en gereinigd, kan je weer starten met de opbouw. Dergelijke handeling vat men best aan met 2 personen, zodat de klus voor bijvoorbeeld een koivijver in 1 dag kan worden uitgevoerd. Bij het terug opstarten van het moeras houdt men de waterwaarden extra in het oog en stuurt eventueel bij met tijdelijk water verversen tot alles weer stabiliseert.